Pese a ello, en la Copa Sudamericana 2003, Nacional eliminó a Deportivo Pasto y Liga de Quito. En los cuadrangulares semifinales le correspondió en el grupo «B», junto con Junior, Cortuluá y Deportivo Pasto. Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B).
En la Copa Merconorte fue eliminado en la primera ronda. Y en su último partido de la primera fase, goleó 4-0 como local al Barcelona Sporting Club. En su tercer juego, empató 2-2 con Barcelona Sporting Club en la ciudad de Guayaquil. El siguiente compromiso lo llevó a visitar la Ciudad de México, siendo derrotado 2-1 por el Necaxa. Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica, Necaxa de México, y Alianza Lima del Perú, eran los otros integrantes del grupo en el que se encontraba el Atlético Nacional. En el primer partido, Nacional y Necaxa empataron 0-0 en Medellín. En su cuarto partido, jugado en Lima, empató 1-1 con Alianza.
Después goleó 4-1, en su estadio: el Atansio Girardot, al Alianza Lima. El 22 del mismo mes, ganó como local 3-1 frente a Alianza Lima. En el siguiente partido, Nacional le ganó a Alianza Lima en Lima por un marcador de 3-2. En su tercer partido, con un marcador de 2-0, Nacional le ganó a la Liga Deportiva Alajuelense como local.
En el primer partido, realizado el 16 de septiembre, ganó como visitante 2-0 a The Strongest. El primer partido, disputado el 2 de noviembre en el Estadio El Campín de Bogotá, dejó un empate 0-0. El 9 del mismo mes, Nacional le ganó 2-1 a Millonarios F. C. en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín, lo que lo dejó como ganador en el resultado global 2-1 por ende campeón del torneo.
Esta fue la tercera vez que el conjunto ‘Verdolaga’ lograba coronarse campeón frente al América de Cali. Resultó campeón el Arsenal con 11 puntos. Con José Gomes aun como técnico rojiblanco, cabe sin duda mencionar la histórica rueda de prensa que ofreció el entrenador luso en la jornada 31 en la que un grave error arbitral privó al Almería de lograr los tres puntos frente al Leganés y en la que el técnico portugués criticó duramente el uso que se estaba haciendo del VAR y el trato injusto que llevaba padeciendo el equipo almeriensista durante esta temporada, dejando para el recuerdo el grito de “¡Respeto!” que espetó en dicha rueda de prensa pospartido y que la afición hizo suyo a través de las redes sociales para pedir a LaLiga y la RFEF un trato más justo hacia su equipo.
Entiendo que desde la prensa teneis que denunciar esos comportamientos, pero mejor nos iría si en vez de destacar lo negativo dierais mas covertura a lo positivo. Para empezar el torneo asumió como técnico el estratega argentino Reinaldo Merlo a pesar de la resistencia de la prensa y de la afición. Aunque el equipo tuvo buenos resultados, el técnico argentino fue destituido al caer en la segunda fecha del Clausura ante Millonarios F. C., siendo reemplazado por Luis Fernando Suárez. En el Finalización, luego que Luis Fernando Montoya fuese reemplazado por Alexis García en la dirección técnica, avanzó a los cuadrangulares semifinales, siendo último del Grupo B detrás de Deportivo Pasto, América de Cali y Unión Magdalena.
Centró Borja Valero desde la derecha, el balón le llegó a Víctor en la izquierda, que volvió a centrar y Aduriz marcó el segundo de cabeza. Por otra parte, en la Copa Merconorte 2001, se quedó por fuera en el Grupo D al ser segundo con 10 puntos, dos menos que C. S. Emelec, primero de la zona y finalmente subcampeón de aquel torneo. El primer partido en Cali finalizó 1-1 y el segundo partido jugado en Medellín finalizó 0-0. Nacional ganó 4-2 en la definición desde el punto penalti.
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